使中醫(yī)學(xué)完成以生命科學(xué)為主體醫(yī)療模式的方法論轉(zhuǎn)向，在當代同樣存在著應(yīng)首先解決的是生命科學(xué)研究中的哲學(xué)問題和對基本理論模式的推定問題。

　　包括中醫(yī)學(xué)在內(nèi)的生命科學(xué)，是中國古代文化中的瑰寶，其在先秦文化中，就已經(jīng)成熟并被包容于儒學(xué)和道學(xué)之中。生成于中國文化中的這種生命科學(xué)形式，因有其相應(yīng)的哲學(xué)為基礎(chǔ)，所以不能以西方的科學(xué)理論和科學(xué)規(guī)律進行界定或者類推。筆者在研究中，根據(jù)形而中論的哲學(xué)原理，把以生命科學(xué)為代表形式的中國科學(xué)以其本質(zhì)性界定為形上性科學(xué)，把以聲光電化為代表形式的西方科學(xué)以其本質(zhì)性界定為形下性科學(xué)，從科學(xué)的基本性上解決了這一研究領(lǐng)域存在的問題（例如“李約瑟問題”等）。具體推論請參考拙作《追尋中國科學(xué)精神》一書。

　　我們知道，中國當代的生命科學(xué)研究由“氣功熱”所引發(fā)，由于沒有相應(yīng)的基礎(chǔ)理論之準備，所以，生命科學(xué)的基礎(chǔ)理論研究的滯后始終成為制約研究中的問題。這些問題表現(xiàn)出當代文化模式與“氣功”文化的母體──中國文化的非統(tǒng)一性，尤其是其中的哲學(xué)問題成為問題中的問題。因此，對這些問題的反思將推動哲學(xué)、文化與科學(xué)的進步。對生命科學(xué)的哲學(xué)問題的思考，不但使人類文化的本質(zhì)性和科學(xué)的本質(zhì)性問題得以澄清，而且使哲學(xué)在這一過程中帶來自身的革命，哲學(xué)將在對存在本體的新認識中突破舊的模式，將在對人類終極關(guān)懷中建立人類的哲學(xué)。而且，只有在這一哲學(xué)理路中，使生命科學(xué)的本體論問題得到化解，從而推動生命科學(xué)的研究。在這一過程中將推定人類存在的本質(zhì)性，使人類的文化在存在的本體性形式上解決終極關(guān)懷問題。

　　所以，深入探索生命科學(xué)研究中的基礎(chǔ)理論問題，使當代以來產(chǎn)生的“氣功熱”向健康的方向上發(fā)展及對社會產(chǎn)生積極的影響，是這一工作中的極其重要的組成部分。由于人的存在的終極關(guān)懷問題是人的思想和行為的價值主體（生命是一切其他價值所推定的主體），加之中國社會從八十年代以來開始了穩(wěn)定、健康和政治寬松的進步時期，人們的價值主體意識在一定的程度上被社會政治意識形態(tài)所認同。在這種社會氛圍中，人們開始有條件以價值主體出發(fā)關(guān)懷自身的存在問題，開始有條件選擇醫(yī)療保健措施，以達到增強身體健康和延長生命之目的。基于自身的醫(yī)療經(jīng)驗，普遍的共識認為常規(guī)的西方醫(yī)學(xué)的方法不能在最基本的價值本體的意義上達到上述目標。因此，從中國古代社會就產(chǎn)生的，被先秦儒學(xué)和道學(xué)及兩漢以后的道教已經(jīng)證明的行之有效的“氣功”修煉方法，就成為人們選擇的強身健體的鍛練方法。但是，由于當代人們的思維方式、語言內(nèi)涵與古代大不相同，加之當代人的社會存在形式與古代（產(chǎn)生“氣功”的）自在形式相差懸殊，更加之當代人們習(xí)慣于用西方的科學(xué)方法和科學(xué)主義的價值觀評介氣功修煉，這就形成了一系列的理論問題，尤其是其中的基礎(chǔ)理論問題。由于古代“氣功”流派眾多，各執(zhí)其一，良莠參雜，令人難辨真?zhèn)?。問題表明，當代的“氣功”熱始于社會自發(fā)性，而不是出于中國文化和哲學(xué)的理性。出于實用的心態(tài)，這使生命科學(xué)的研究相對被動，因此表現(xiàn)出基礎(chǔ)理論研究的薄弱。由此可知，在生命科學(xué)研究中進行基礎(chǔ)理論方面的研究，以確定“氣功”功理功法的普遍意義，使人的價值本體在正確的方法論中達到自在，是當前生命科學(xué)研究中的重要工作。而這一工作，也只有人類社會發(fā)展到今天，在具備了可供反思的人類學(xué)、社會學(xué)、政治學(xué)、生理學(xué)、醫(yī)學(xué)及科學(xué)學(xué)等成熟的具有外在價值的理論和實踐的基礎(chǔ)上，人類的認識在確立了價值主體并證明其是唯一最高的價值時才有可能完成。

　　從哲學(xué)而言，在當代的文化模式中發(fā)生的“氣功熱”，實質(zhì)上是當代主流文化觀的“異化”，因為無論從何種意義而言，以“氣功”為形式表現(xiàn)出的中國文化的本質(zhì)性與當代的主流文化觀是不兼容的。這實際生成了下面的悖論──以中國現(xiàn)代主流文化的西方哲學(xué)思維推定中國古老的“氣功”。所以，這些主流哲學(xué)和文化觀念上的問題，在實踐中成為練功者的心里障礙，練功者需具備的無私、無為等心里素質(zhì)，與當代的價值取向（尤其是商品經(jīng)濟的價值觀）顯然是相悖的。因此，對氣功修煉者的文化心里素質(zhì)的研究表明，社會上產(chǎn)生的廣泛的群眾性的氣功熱，存在著文化上的障礙，存在著基礎(chǔ)理論的困難，存在著哲學(xué)認識論的問題。這些，也是存在于生命科學(xué)研究者中的問題。“氣功熱”以來產(chǎn)生的問題表明，由于在研究中缺少對中國傳統(tǒng)哲學(xué)文化方面的基礎(chǔ)性研究，因此發(fā)生了所謂的反對偽科學(xué)的問題，當然，以偽科學(xué)貫之于這些問題顯然出于科學(xué)主義的價值觀，盡管能說明批評者的心態(tài)，但是，由于這種批評不具備本體論意義，因此終非正確，而其中所反映出的哲學(xué)和文化價值觀問題對批判者和被批判者都是具有同一性的問題。對于用反對偽科學(xué)為武器的批判者而言，把孩子和臟水一同倒掉（例如于光遠、何柞庥、司馬南等人出于意識形態(tài)的價值承諾而不是出于理性的承諾而進行的批判）。對于被批判者而言，由于缺少文化的主體意識或出于某種目的，把臟水叫孩子喝掉（例如有的氣功門派聲稱不二法門，修者必需將原來所習(xí)所修的知識及書籍等忘掉和燒毀等，這種做法不但有違于文化發(fā)展的規(guī)律，同時也造成人的文化道德修養(yǎng)的失落）。試問，沒有文化能有今天的文化架構(gòu)從而能使人們認識氣功嗎？這些就不是用所謂反對偽科學(xué)能解決的問題，因為用西方的形下性的科學(xué)承諾真理并批判中國形上性的生命科學(xué)，由于形下性和形上性的不同，實質(zhì)上因其不能自圓其說而處于兩難困境。反對偽科學(xué)和把氣功稱為科學(xué)由于同樣不知其形上性和形下性的區(qū)別，這將使人們的認識陷入嚴重的誤區(qū)。這些乃是非理性的行為，發(fā)展下去，這是對文化的反動，是對生命科學(xué)研究及文化理性的扼殺。因此，“氣功”修煉的文化學(xué)、人類學(xué)意義及其哲學(xué)基礎(chǔ)理論和科學(xué)的形上性和形下性的不同形式問題，應(yīng)引起生命科學(xué)研究者的極大重視。

　　目前生命科學(xué)研究的方法論表明，僅僅以西方自然科學(xué)的方法研究人體的某些“氣功”作用下的物理現(xiàn)象以作出某種科學(xué)的解釋顯然是不夠的，更主要的基礎(chǔ)性的工作即哲學(xué)和文化的研究還沒有在應(yīng)有的層次上展開，這使得理論上的混亂和造成研究中的困難就不可避免。這一問題，從一些當前發(fā)行的氣功雜志和理論刊物的論點中略見一斑。因此，應(yīng)在當前的生命科學(xué)研究中重視基礎(chǔ)理論方面的研究，尤其重視生命科學(xué)的哲學(xué)和文化問題，在解決了上述的基礎(chǔ)理論問題之后，生命科學(xué)研究才會深入和健康的發(fā)展。而這一進程表明，人類社會發(fā)展到當代，由于價值主體的反思和被重新確立，將使西方自然科學(xué)的模式由形下性轉(zhuǎn)化為形上性，在中國生命科學(xué)對終極關(guān)懷的承諾中，使生命科學(xué)研究具有人和社會存在形式的必然統(tǒng)一性。

　　當代的生命科學(xué)研究表明，由于哲學(xué)思維自在于研究中的作用，并由于有相當多的研究者的哲學(xué)思維束縛于西方哲學(xué)的模式，使生命科學(xué)的研究因哲學(xué)思維方式上的問題，出現(xiàn)了一些誤解和爭論，沒有產(chǎn)生突破性的研究成果。黑格爾認為：“既然文化上的區(qū)別一般地基于思想范疇的區(qū)別，則哲學(xué)上的區(qū)別則更是基于思想范疇的區(qū)別”（黑格爾：《哲學(xué)史講演錄》商務(wù)印書館1959年9月新1版第1卷第47頁）因此，如果說以形下性的西方科學(xué)的模式承諾并生成了西方的醫(yī)學(xué)體系，這由其哲學(xué)的統(tǒng)一性所決定，那么，形上性的中國生命科學(xué)也只能是中國哲學(xué)生成的科學(xué)形式。所以，如果不是出自于理性，而是以幾十年來養(yǎng)成的西化的思維定勢、那種被異化的文化價值觀及其對意識形態(tài)上的承諾，因此以西化的概念和范疇作為坐標系進行中國的生命科學(xué)研究，那么，顯然由于中國生命科學(xué)研究的形上性，其概念范疇在兩種科學(xué)形式及本質(zhì)上的非統(tǒng)一性，將造成理解中國生命科學(xué)的嚴重誤區(qū)。

　　我們看到，當代的生命科學(xué)研究始于“特異功能”、“氣功”等現(xiàn)象的出現(xiàn)，研究方向是基于人的內(nèi)在性的自我操作所產(chǎn)生的人體效應(yīng)以對生命的重要作用作出科學(xué)的闡釋。但是，這一闡釋的形式雖然借鑒于西方科學(xué)，由于生命科學(xué)的對象及實驗的主體是修煉者自我的感覺經(jīng)驗，表現(xiàn)出科學(xué)的形上性；而西方科學(xué)是物理性的實在形式，表現(xiàn)為形下性，使之形下性科學(xué)的物理形式與經(jīng)驗感覺的形上性不具有完備同一的對應(yīng)性成為科學(xué)模式上的困難。因此，對人體的完備的物理測量，尤其是“氣功”作用下的人體效應(yīng)，是形下性的科學(xué)模式和技術(shù)水平所無法達到的。從哲學(xué)角度而言，由于研究對象的操作形式產(chǎn)生于自在的哲學(xué)思維方式（道學(xué)、儒學(xué)、醫(yī)學(xué)），不同于西方科學(xué)的哲學(xué)思維，所以，中國生命科學(xué)的研究實質(zhì)上是超越西方科學(xué)形式的研究方法。之所以借鑒科學(xué)，僅僅是尋求以西方自然科學(xué)已然成功的物理形式作為認識論的參照系。但是，對人體自在的內(nèi)在性、對生命的可操作性（我命在我而不在天）之效應(yīng)（例如大、小周天）的形上性的普遍原理的認識，由于西方自然科學(xué)并不具有本體論的自在性，所以將對形上性的生命科學(xué)的推定顯得無能為力。因此，只有在明確區(qū)分形上性和形下性科學(xué)的不同從而推定正確的研究方法，以此進行生命科學(xué)研究并最終建立形上性的科學(xué)模式，才是正確的研究方向。

　　把生命科學(xué)研究的自在性放到其歷史和邏輯的過程中反思，能進一步理解中國古代生命科學(xué)不同于西方自然科學(xué)的本質(zhì)性。任何科學(xué)的產(chǎn)生都有其自在的本體論支持，例如西方的科學(xué)產(chǎn)生于古希臘的哲學(xué)。然而，所謂的生命科學(xué)研究的對象卻是早在幾千年前產(chǎn)生于中國的古代哲學(xué)文化中的中醫(yī)學(xué)及儒學(xué)和道學(xué)之中，如上所論，生成其形上性生命科學(xué)的哲學(xué)是與西方哲學(xué)截然不同的形而中論。顯然，關(guān)于人的存在，無論中國哲學(xué)的形而中論還是具體的生命科學(xué)形式，也無論是其表現(xiàn)在歷史中的和邏輯中的統(tǒng)一性，都不同于西方的哲學(xué)和形下性的自然科學(xué)體系，所以，不能以西方哲學(xué)和形下性科學(xué)的方法對中國的生命科學(xué)形式進行簡單的推定。

　　顯然，不能以西方的哲學(xué)和自然科學(xué)的模式推定生命科學(xué)研究的終極價值，因為人類已經(jīng)有了相當長的和豐富的社會歷史來了解人類的過去，而這一了解并不再是個體的經(jīng)驗，而是知識的積淀，人類已經(jīng)終于在普遍意義上發(fā)現(xiàn)對終極關(guān)懷問題的解決絕不是任何物質(zhì)性的滿足所能達到的，也不是西方的科學(xué)形式所能完成的，而必須尋求其它的道路。正是在這樣一種只有在當代才能引起普遍性共識的文化氛圍中，當代的“氣功熱”和生命科學(xué)研究才成為可能。如上所述，西方科學(xué)是十足的形而下的產(chǎn)物，而中國古代的生命科學(xué)研究和修煉實踐卻是形而上的產(chǎn)物，所以，西方的形而下與中國的形而上的哲學(xué)和科學(xué)的融通，是當代生命科學(xué)研究中的潛在的哲學(xué)困難之一。

　　事實表明，以西方哲學(xué)和科學(xué)模式對生命科學(xué)的研究方法，已在生命科學(xué)的本體論承諾中發(fā)生了認識論問題，因為把人的存在作為純物質(zhì)性存在因而用物質(zhì)實驗的方法以證明例如外氣、內(nèi)氣等效應(yīng)性問題的研究，實質(zhì)上是用科學(xué)形式對人體科學(xué)研究在形式上的限定。應(yīng)當認為，在相關(guān)的物質(zhì)能量轉(zhuǎn)換的層次上利用科學(xué)形式鑒別人體的物理效應(yīng)，在形式上是有效的。但是，對產(chǎn)生這些物理能量效應(yīng)的本體上的操作方式和其本質(zhì)性的研究，尤其是自在于存在者之中的意識自為所產(chǎn)生的形上性的生命科學(xué)作用，當代自然科學(xué)以物理性和實在性形式所進行的研究，由于其被時空的參照系所限定，將是相當困難的，甚至是無能為力的。生命科學(xué)研究將表明，當代的生命科學(xué)研究不具有與歷史上其他部類的科學(xué)研究相同形式的研究，其應(yīng)當是哲學(xué)和科學(xué)的整合──以新的科學(xué)模式并在其中進行的研究和推定。

　　對于科學(xué)研究中的認識論問題，愛因斯坦曾指出：“即使是有勇敢精神和敏銳本能的學(xué)者，也可以因為哲學(xué)上的偏見而妨礙他們對事實作出正確解釋。這種偏見──至今還沒有滅絕──就在于相信毋須有自由的概念構(gòu)造，事實本身就能夠而且應(yīng)該為我們提供科學(xué)知識。這種誤解之所以可能，只是因為人們不容易認識到，經(jīng)過驗證和長期使用而顯得似乎同經(jīng)驗材料直接相聯(lián)系的那些概念，其實都是自由選擇出來的”（《愛因斯坦文集》第1卷，第22頁）。愛因斯坦指出的問題，有普遍性的意義，在當代的生命科學(xué)研究中顯得更為重要：由于物理科學(xué)模式與生命科學(xué)效應(yīng)的能量轉(zhuǎn)換的時空非統(tǒng)一性困難，此時，以形下性的科學(xué)模式對形上性的生命科學(xué)現(xiàn)象的解釋，不但顯的牽強附會，而且不利于生命科學(xué)的本質(zhì)性研究。所以，哲學(xué)思維的僵化，是其根本問題。盡管已有學(xué)者指出，生命科學(xué)的研究將帶動科學(xué)革命，實現(xiàn)科學(xué)模式的內(nèi)向性轉(zhuǎn)化（見辛立洲:《二十一世紀的明珠──中國文化簡論》天津人民出版社，1994年4月第1版）。但并沒有引起生命科學(xué)研究者的廣泛注意。我們看到，在目前的生命科學(xué)研究中，由于物理科學(xué)模式運用于生命科學(xué)研究由形下性向形上性轉(zhuǎn)化模式上的困難，把人體氣功效應(yīng)中的不能被形下科學(xué)所推定的現(xiàn)象稱為異端邪說、封建迷信等時而有之。更有甚者，以“氣功”現(xiàn)象與形下性的科學(xué)原理的相悖為理由而加以否定。之所以產(chǎn)生這些認識，除卻意識形態(tài)方面的原因而外（因不是學(xué)術(shù)問題，故不在本文的討論之內(nèi)），都是自覺和不自覺的陷入了哲學(xué)上的誤區(qū)而形成的。因此，應(yīng)當了解形下性科學(xué)的本質(zhì)性。任何形下性的科學(xué)，都是主體對客體進行的模式上的轉(zhuǎn)換，使客體能夠以被感知的形式進行觀察和理解，進而重構(gòu)概念和理論系統(tǒng)。由于時空的形式化，模式轉(zhuǎn)換的時空限定性成為形下性科學(xué)中的困難問題。在形下性的科學(xué)研究中，為突破時空限定性，測試儀器被不斷改進，數(shù)學(xué)──時空形式化的基本工具不斷被新的數(shù)論所取代，使主體對存在的認識向深層發(fā)展。但是，形下性科學(xué)模式的時空轉(zhuǎn)換問題卻始終成為制約人的認識的基本問題。自相對論問世之后，時空被引進認識論領(lǐng)域，但是，時空的基本問題，例如時空在物理效應(yīng)的模式中的作用、觀測儀器的時空效應(yīng)等問題，沒有引起研究者的注意，而生命科學(xué)研究最具本體性的問題則是在科學(xué)效應(yīng)的形上性與人體效應(yīng)的時空模式的非對應(yīng)性之中。對于這一形上性科學(xué)的本質(zhì)性問題能否引起研究者的注意并在實踐中加以解決，是當代生命科學(xué)研究能否真正的稱其為科學(xué)的本質(zhì)性關(guān)鍵問題。

　　當代生命科學(xué)研究所發(fā)現(xiàn)的哲學(xué)問題表明，不能在生命科學(xué)的研究中把西方科學(xué)和哲學(xué)方法論作為完備的坐標系。對科學(xué)的認識應(yīng)消解這樣的一個誤區(qū)，即：科學(xué)是認識世界的工具，工具本身不能成為世界的代表，科學(xué)是認識真理的工具，而工具本身并不能代表或取代真理。

　　就西方自然科學(xué)原理的本質(zhì)性而言，是思維以范疇的模式化產(chǎn)生的對客體的物理性建構(gòu)。由于其具有物理的外在的物質(zhì)性，所以，到目前為止，還沒有發(fā)現(xiàn)科學(xué)的范疇和模式能與人體的練功效應(yīng)完備的對應(yīng)性，以所謂的科學(xué)儀器的模式所進行的對人體效應(yīng)的觀測，則由于能量和時空轉(zhuǎn)換的困難，使對其所進行的解釋多有牽強之處。這些表明，以氣功修煉所進行的經(jīng)驗形式和科學(xué)形式之間需要一種轉(zhuǎn)換的模式，而這一模式的轉(zhuǎn)換在西方的自然科學(xué)體系內(nèi)是不能完成的。所以，西方的自然科學(xué)體系并不能對人體的練功效應(yīng)給以終極價值的推定。

　　這樣，將出現(xiàn)下述的困難：既不能把形下性科學(xué)的形式用于生命科學(xué)研究，又要對中國的“氣功”修煉的形上性方式給出科學(xué)形式上的證明。解決這一困難的方法只能是在認識論的層次上給以界定，使人體的相關(guān)研究于科學(xué)的模式中在一定的層次上以模式的轉(zhuǎn)換方式為科學(xué)所包容，從而把科學(xué)形式區(qū)分為形上性和形下性。以人體“氣功”效應(yīng)的自為性而言，如果以形下性的科學(xué)儀器對人體效應(yīng)作測定，對“外氣”尚可以某種物理效應(yīng)或以物理實在進行解釋，但對于“內(nèi)氣”，以物理效應(yīng)或物理實在進行解釋，就成為問題。例如，在修煉道家內(nèi)丹功的過程中，身體中的內(nèi)氣根據(jù)其練功的層次的不同，感覺到的內(nèi)氣“質(zhì)量”大不一樣，所循走的經(jīng)絡(luò)也不盡相同，小周天，大周天，玉液還丹，金液還丹等層次均具有不同的感覺和能量形式（如：熱感、涼感、氣重氣清、有汗無汗等等）。又如，內(nèi)氣以時間的不同而循行于一定的經(jīng)絡(luò)（例如子時為復(fù)氣在尾閭穴），這一循行過程無論對任何人都一樣，是一個自然的過程，然而，對經(jīng)絡(luò)的認識用形下性的科學(xué)模式進行的推定已經(jīng)非常困難，對這一過程的的可操作性的測定與對受試者的主體感覺進行定性的形下性的科學(xué)模式化就更困難。由于人是受試的主體，而人體的氣功效應(yīng)是主體的操作性，并不具有形下性的科學(xué)儀器對人體干涉的決定性。所以，對于形下性科學(xué)的闡釋而言，西方科學(xué)的形式并不具有唯一性，因為生命科學(xué)的研究存在著模式化的定性與主體的感覺同一性的困難問題。這一點使我們回到休謨哲學(xué)。

　　休謨哲學(xué)表明，對于人的主體性認識，主體的所有認識都不能提供可靠的與存在的同一證明，所以，主體的所有的認識并不具有本體論意義。對休謨問題的哲學(xué)反思，使休謨的懷疑論哲學(xué)推進了西方認識論哲學(xué)的發(fā)展。但到目前為止，西方的后現(xiàn)代主義以海德格爾哲學(xué)為代表形式仍然俳徊于休謨的問題之中。由于在形下性的科學(xué)哲學(xué)中存在這樣的問題，所以，企圖以形下性的科學(xué)形式闡解人體的“氣功”效應(yīng)，就必然遇到的上述的不可克服的本體論和認識論困難。