自閉癥類障礙兒童腸胃問題的原因是多樣的。多重研究揭示出許多自閉癥兒童消化不良，吸收不好，腸內(nèi)病菌過度生長(真菌，細(xì)菌和病毒)，以及異常的腸漏。許多家長起先意識不到孩子的自閉癥跟胃腸異常有什么關(guān)聯(lián)。

　　更加不幸的是，許多醫(yī)生也還沒有認(rèn)識到這種關(guān)聯(lián)。很多家長報告他們的孩子有便秘，腹瀉，有時交替出現(xiàn)，還有abnormalamountofgas,打嗝，大便異味等。臨床活組織切片檢查證明許多自閉癥兒童患有一種自閉癥特有的回腸增生癥狀。許多自閉癥醫(yī)生和醫(yī)學(xué)研究者認(rèn)為自閉癥孩子的慢性胃腸問題的一個首要原因是免疫系統(tǒng)損傷。但是這兩個系統(tǒng)彼此關(guān)聯(lián)太密切，所以幾乎不可能知道究竟哪一個是因，哪一個是果。

　　食物不容或者食物過敏，不能消化酪蛋白和奶蛋白，慢性酵母菌感染等都是免疫系統(tǒng)損傷(無論先天還是后天)引發(fā)胃腸疾病的征兆。越來越多的證據(jù)支持外部影響對胃腸和免疫問題的觸發(fā)作用，這些外部影響包括含有重金屬的疫苗和反復(fù)使用的抗生素，他們的殺傷力在本來就很病弱的孩子身上得到放大，無論這病弱性是暫時還是長期的，先天的還是后天的。

　　這些復(fù)雜情況(胃腸，免疫，感染，營養(yǎng))的相互作用使得孩子的病史和疫苗紀(jì)錄很必要，而且家族病史變得尤其重要了。特別是，我們需要明確了解孩子是否有家族自免疫史，過敏和傳染病史。