診斷MPGN需要排除所有繼發(fā)性因素，如乙型肝炎或丙型肝炎、艾滋病、其他感染或結締組織病。MPGN的診斷主要通過組織病理學的檢查，隨著丙型肝炎相關性MPGN、HIV相關MPGNC的日趨流行，對表面上看似原發(fā)性MPGN的患者必須做相應的血清學檢查。常見需要鑒別的疾病有：

　　1.糖尿病腎病 MPGN的結節(jié)狀損害出現在大多數腎小球中，而糖尿病腎病發(fā)生結節(jié)狀損害的小球相對較少，另外從免疫病理學上可以進行鑒別。

　　2.淀粉樣變腎病 HE、剛果紅染色及電鏡下完全可以鑒別。

　　3.輕鏈腎炎 光鏡下與MPGN難以鑒別，免疫病理學可以明確區(qū)分。

　　4.狼瘡性腎炎 慢性低補體血癥應與狼瘡性腎炎進行鑒別。狼瘡性腎炎可以出現多種類型的病理學改變，如可出現類似于Ⅰ、Ⅲ型MPGN樣的改變，但狼瘡性腎炎在腎小球內可有IgG、IgM、IgA、C3、C4、C1q的沉積，即“滿堂亮”表現，而MPGN同時出現多種免疫球蛋白及補體沉積的情形罕見。

　　5.過敏性紫癜腎炎 可出現類似于MPGN樣的病理變化，鑒別的要點為紫癜性腎炎腎小球系膜區(qū)及毛細血管襻上有大量的IgA沉積，還可表現出皮膚紫癜、關節(jié)痛和腹痛等。

　　6.感染后腎炎 感染后腎炎與MPGN的Ⅰ型有時難以鑒別，但一般感染后腎炎的病程比較短。偶爾感染后腎炎也可發(fā)展為MPGN。