盲腸阿米巴肉芽腫由于病變長期不愈，產生大量纖維組織，腸系膜及腸壁炎性浸潤和水腫，而形成肉芽腫樣腫塊，并使腸腔狹窄或腸壁發(fā)生運動障礙引起腸梗阻現(xiàn)象。
急性期病變肉眼觀，早期在腸粘膜表面可見多數(shù)隆起的灰黃色帽針頭大小的點狀壞死或淺在潰瘍。病變進展時，壞死灶增大，呈圓形鈕扣狀，周圍有出血帶包繞。此時滋養(yǎng)體在腸粘膜層內不斷繁殖，破壞組織，并穿過粘膜肌層達到粘膜下層。由于粘膜下層組織疏松，阿米巴易于向四周蔓延，壞死組織液化脫落后，形成口小底大的燒瓶狀潰瘍，邊緣呈潛行性(undermined)，對盲腸肉芽腫具有診斷意義。潰瘍間粘膜正常或僅表現(xiàn)輕度卡他性炎癥。在嚴重的病例，鄰近潰瘍可在粘膜下層形成遂道樣互相溝通，其表面粘膜可大塊壞死脫落，形成邊緣潛行的巨大潰瘍，其直徑可達8～12cm。